Mga Prinsipyo ng Nucleic Acid Synthesis

Ang nucleic acid synthesis ay isinasagawa gamit ang solid phase sialic amide triglyceride method, kung saan ang 3′ end ng DNA ay immobilized sa solid phase substrate at ang mga nucleotide ay idinagdag sa 3′ to 5′ na direksyon hanggang sa ma-synthesize ang nais na fragment ng DNA. .Naiiba ito sa synthesis ng DNA sa pamamagitan ng paggamit ng DNA polymerase.

Ang 3′ dulo ng unang base ay hindi kumikilos sa CPG sa panahon ng synthesis, ang 5′-OH ng susunod na base ay protektado ng di-p-tolyl trityl DMT, ang amino group sa base ay protektado ng benzoic acid at ang 3′ Ang -OH ay isinaaktibo sa isang amino phosphate compound.Ang 1 base ng 5 5′-OH ng 1 base at 3′-OH ng susunod na base ay bumubuo ng phosphite triglyceride, na pagkatapos ay na-oxidized na may yodo sa isang phosphate triglyceride, ang protectant sa pangalawang base na 5′-OH ay inalis ng pagdaragdag ng dichloroacetic acid DM cycles sa pamamagitan ng pagdaragdag ng susunod na base, at pagkatapos ng synthesis ang protectant sa 5′-OH ay tinanggal na may mahinang acid Ang fragment ay disconnect mula sa solid resin na may concentrated ammonium hydroxide, ang protectant ay tinanggal mula sa base na may concentrated ammonium hydroxide sa ilalim ng pag-init, ang ammonium hydroxide ay inalis, ang fragment ay tuyo sa vacuum, at ang nucleic acid ay dinadalisay ng likidong chromatography o PAGE.

Mga Hakbang ng Oligo Synthesis

Pag-deblock

AngAng 5 dulong pangkat na nagpoprotekta sa DMT ay tinanggal sa pamamagitan ng pagdaragdag ng TCA solution.

Pag-activate

Ang paghahalo ng activator sa oligonucleotide monomer upang mabuo ang aktibong oligonucleotide monomer intermediate.

Pagsasama

Ang 5-terminal hydroxyl group ay tumutugon sa aktibong oligonucleotide intermediate sa isang anti-generative condensation reaction upang bumuo ng hindi matatag na phosphite triglyceride bond.

Pagta-cap 

Ang pagdaragdag ng isang capping agent ay nagsasagawa ng acetylation capping reaction na may labis na hydroxyl group na hindi kasama sa condensation reaction.

Oksihenasyon 

Ang pagdaragdag ng iodine solution na naglalaman ng tubig ay tumutugon sa hindi matatag na phosphite bond sa pamamagitan ng oksihenasyon upang bumuo ng matatag na phosphoric acid triglyceride bond.

Cyanoethyl Cleavage

Ang produkto ng nucleic acid pagkatapos ng synthesis, kasama ang pagdaragdag ng DEA solution upang alisin ang cyanoethyl group mula sa phosphate triglyceride bond.

Na-cleaved at Deprotection

Ang mga fragment ng nucleic acid ay pinuputol mula sa solid phase carrier sa pamamagitan ng pagdaragdag ng concentrated ammonium hydroxide solution at pagkatapos ay pinainit upang alisin ang mga nagpoprotektang grupo mula sa hydrogen bond ng mga base.